Funan vertelt het verhaal van een jonge moeder, Chou, die koste wat het kost haar gezin staande probeert te houden onder het Cambodjaanse Khmer Rouge regime van Pol Pot uit de jaren zeventig.
Nadat het regime van Pol Pot de hoofdstad overneemt, wordt ze op weg naar de befaamde heropvoedingskampen gescheiden van haar drie jaar oude zoontje. In een tijdspanne van drie jaar zien we hoe wanhoop knaagt aan waardigheid in de dagelijkse overlevingsstrijd van Chou en haar familie.